Il s'agit de réaliser des cartes représentant les zones ou le biotope est homogène. Pour réaliser ces cartes on commence généralement par segmenter la carte en zones homogènes à partir des données: bathymétriques, des images aériennes, des mosaïques sonar.

Une stratégie d’échantillonnage est alors définie, puis des prélèvements et des observations sont réalisés généralement en plongée sous-marine.